Historia de las Universidades. Universidades de Castilla (y León)
Universidad de la Monarquía Católica. Plétora y diversidad
Con el advenimiento del Estado moderno de los Reyes Católicos y de los Austrias las universidades medievales de los reinos de Castilla y de León van a convertirse, progresivamente, en universidades de la Monarquía hispánica, verdaderas universidades del Imperio, vivero de profesionales de la administración y la política en la Península, en las Indias y en los territorios hispanos de Europa. Al mismo tiempo, tras los conflictos religiosos de las Reformas, se convierten en bastiones del Catolicismo militante, con una proyección internacional que desborda sus viejos orígenes regionales.
Además de ello, entre 1475 y 1625 asistimos a una verdadera plétora de nuevas fundaciones universitarias en la Península Ibérica. 
Las causas resultan complejas, pero, como hemos dicho, cabe asignar un importante papel a la necesidad de formación de un funcionariado eclesiástico y una burocracia estatal, sobre todo en relación con los estudios jurídicos. Asimismo, hay que contar con los proyectos de defensa y expansión de la fe católica, vinculados a la formación sacerdotal y a los estudios de teología. A ello se añaden los beneficios que al conjunto social podía aportar la educación en general y ciertas enseñanzas como la medicina en particular. Los sentimientos de promoción regional-localista y el de fama póstuma contribuyen a desarrollar un espíritu emulador por parte de los fundadores. De este modo se despliega un abanico de instituciones con patronazgo mayoritario de prelados o eclesiásticos influyentes, seguidas de otras de patronato real directo o incluso debidas a la aristocracia laica.
Estos nuevos estudios (“studia”) surgidos entre 1475 y 1625 siguen más bien la tradición parisina que la boloñesa. El modelo que adoptan es el de Colegio-Universidad o Convento-Universidad, es decir, consistente en organizar la enseñanza universitaria en el seno de una comunidad de estudiantes escogidos y becados, cortos en número, austeramente autogobernados y sujetos a determinados estatutos fundacionales; o bien en el seno de una comunidad religiosa previamente existente.
De la expansión universitaria del siglo XVI peninsular da idea el hecho de que las aproximadamente ocho universidades con grados reconocidos existentes en 1475 se hubieran convertido en 32 hacia 1625. En dicha fecha, los reinos de la Corona de Castilla totalizan 18 de ellas, entre las que se cuentan las tres mayores de Salamanca, Valladolid y Alcalá, además de ocho colegios-universidad y cinco conventos-universidad, correspondiendo a las dos Mesetas (las Castillas) la mitad del monto global. Por su parte, la Corona de Aragón cuenta con once universidades, y de ellas cuatro son conventos-universidad. En el Reino de Portugal existen, por esta época, dos universidades, una de ellas convento. Puede observarse claramente una concentración universitaria en el ámbito meseteño, entre el Duero y el Tajo (corazón de las Castillas), así como en el Principado de Cataluña. Además, las proporciones de universidades de orígenes medievales son mayores en el caso de la Corona aragonesa, frente a la plétora de las nuevas fundaciones castellanas, muy vinculadas al tipo de colegio-universidad.
Más concretamente, la expansión universitaria de que venimos hablando registra su plétora entre 1540/45 y 1570/75, ámbito de ebullición religiosa y política en los territorios de la Corona de Castilla. En este breve período se erigen no menos de seis conventos-universidad y cinco colegios-universidad, así como un seminario-universidad y una universidad propiamente dicha. Por el contrario, entre 1475 y 1500 las fundaciones peninsulares habían sido tan sólo una, y de 1500 a 1540 unas seis, centradas en el primer cuarto del siglo, con el mencionado predominio de los colegios-universidades. Decae la expansión entre 1575 y 1600, con el convento-universidad de San Lorenzo del Escorial como única excepción, y de 1600 a 1625 vuelven a erigirse dos conventos-universidad, junto al espaldarazo definitivo a la Universidad de Oviedo, la cual venía gastándose desde 1574.
En este contexto de expansión y diversidad, las tres universidades mayores castellanas de Salamanca, Valladolid y Alcalá adquirieron la categoría de verdaderas universidades de la Monarquía, y actuaron como centros dinámicos de atracción y proyección, atenuando la incidencia de las fuerzas centrípetas, territoriales y locales. Fue en estas circunstancias cuando se configuró el estereotipo de Salamanca, que, a partir de los siglos XVI y XVII, constituiría (en la imaginación colectiva) la más famosa referencia simbólica de la cultura española.
Por su parte, el resto de los conventos-universidades y colegios-universidades dieron origen a las que se llamó “universidades menores”. Tendieron éstas a atender las necesidades culturales y religiosas de entornos locales, y fueron por ello apoyadas por prohombres y notables destacados. Fueron creadas, en su mayoría, por mecenas eclesiásticos, y algunos seculares, que las dotaron con rentas del diezmo, deuda pública o patrimonios personales. Las cátedras lo fueron en número reducido, limitándose a unas cuantas de gramática latina, derecho o medicina, así como de artes liberales y teología en el caso de los conventos. No obstante, la posibilidad que brindaban para realizar estudios locales, sin los costes de desplazamiento y estancias, al tiempo que las menores exigencias y mayor facilidad y baratura de los grados, contribuirán a mermar la clientela de las grandes universidades imperiales, conforme vaya avanzando el siglo XVII.
Veremos más adelante cómo quedó configurado el panorama general de las nuevas universidades. Ahora nos referiremos someramente a algunos de los intentos que no prosperaron y que afectaron a territorios de Castilla la Vieja. Por ejemplo, el que realizó la ciudad de Burgos para convertir en universidad el colegio de San Nicolás, fundado en 1538 por el arzobispo don Íñigo López de Mendoza. La ciudad envió solicitudes desde el año 1579, y en 1589 la petición es elevada a Felipe II y al Consejo de Castilla. Resultó denegada. Por su parte, la ciudad de Soria había reclamado, en 1582 y 1617, el traslado del Colegio-Universidad del Burgo de Osma. Y, asimismo, existió una iniciativa riojana para fundar una universidad en Santo Domingo de la Calzada. Hacia fines de la década de los años veinte del siglo XVII, el clero de esta localidad realizó gestiones para la fundación de un colegio-universidad a partir de cierta hacienda donada por fray Domingo de Fresneda. Diez años más tarde, en 1638, todavía se deliberaba sobre ello en el Consejo de Castilla. Sin embargo, el proyecto no cuajó, quizás por intereses en conflicto, y la iniciativa derivó en una fundación pía para el socorro de huérfanas.
En esta plétora universitaria de los siglos XV-XVII conviene distinguir los colegios-universidades, con enseñanza propia y otorgamiento de grados, de otro tipo de colegios, vinculados a universidades preexistentes. La mayoría de sus fundadores fueron jerarcas de la Iglesia, y destinaban sus instituciones a la acogida de estudiantes pobres, preferentemente clérigos, posibilitándoles, así, protección y cobijo. Con el tiempo, muchos de ellos se desviaron de las intenciones fundacionales y fueron dando cabida a grupos privilegiados y oligarquías de letrados. En contraste con sus homónimos de París u Oxford, se trata mayoritariamente de estudiantes residentes, que acuden a las aulas públicas de la universidad central. Únicamente los llamados colegios mayores (seis en total y cuatro de ellos en Salamanca) se constituyen como comunidades de pasantes licenciados o graduados expectantes y pretendientes de cátedras y cargos burocráticos, y tan sólo en el caso del mayor de Alcalá coinciden con un colegio-universidad. Así, en la morfología urbana, y a lo largo de los siglos modernos, un cinturón de colegios seculares y de conventos regulares fue ciñendo los recintos universitarios de mayor prestigio.
Mapa universitario de las Castillas
Describiremos, a continuación, y por orden alfabético, las peculiaridades de los principales centros universitarios, con grados reconocidos, que se localizaron en el ámbito territorial de ambas Castillas durante los siglos modernos.
Alcalá, San Ildefonso de:
Se trata de un colegio-universidad, pontificia y real, fundado por iniciativa del arzobispo de Toledo, Jiménez de Cisneros. Obtiene en 1499 la primera bula pontificia de erección, otorgada por Alejandro VI. De 1512 data la confirmación real y una nueva bula concediéndole los privilegios de París y Salamanca. Sus enseñanzas predominantes se orientaron a las artes liberales y la filosofía, las humanidades y la teología. En su entorno, fueron creados numerosos colegios y conventos vinculados, a lo largo de los siglos XVI y XVII. En 1822 y, definitivamente, en 1836, la universidad fue trasladada a Madrid.
Almagro, Nuestra Señora del Rosario:
Convento-universidad, pontificio y real, fundado por don Fernando de Córdoba, clavero de la Orden de Calatrava y presidente del Consejo de Ordenes. Bula pontificia de 1550, y aprobación real de 1552 y 1574. Regentado por la orden dominica, y con enseñanzas de artes/filosofía, teología y cánones. Se destacó por ciertos abusos en la concesión de grados, lo que motivó que las universidades mayores opusieran dificultades a su reconocimiento. La universidad fue suprimida en 1807.
Ávila, Santo Tomás de:
Convento-universidad, pontificio y real. Fundado a partir de un “studium” particular de la orden dominica. En 1550 otorgamiento del rango de universidad por el nuncio J. Poggio; en 1576 bula confirmatoria papal de Gregorio XIII; aprobación real de Felipe IV en 1638. Enseñanzas de artes/filosofía y teología, fundamentalmente. En 1771 se le prohíbe otorgar grados en derecho y medicina, y es finalmente suprimido en 1807.
El Escorial, San Lorenzo del:
Convento-universidad, real y pontificia. Creado por iniciativa del rey Felipe II, a partir de un seminario menor existente. Real cédula de 1586, y bula pontificia de otorgamiento de grados, por Sixto V, en 1587. Enseñanzas de artes/filosofía y teología, en el ámbito del convento jerónimo. A partir del siglo XVII se registra escasa actividad, pero se mantienen los estudios hasta la exclaustración de 1837.
Sahagún, San Facundo de:
Se trata de una escuela monástica benedictina. Para algunos autores, ya en 1403, el papa Benedicto XIII la elevó a categoría universitaria, con adjudicación de la potestad de otorgar grados convalidables. Para otros autores, la equiparación no llegaría hasta la bula de Clemente VII en 1534. Hacia 1596, los estudios son trasladados al monasterio de Irache, en Navarra. Reconocimiento real en 1665. Enseñanzas de artes/filosofía y teología, con grados fraudulentos en medicina y derecho. Supresión en 1807.
Burgo de Osma, Santa Catalina del:
Colegio-universidad, pontificia y real, fundado por don Pedro Álvarez d’Acosta, obispo de Osma. Bula confirmatoria del papa Julio III, en 1550; aprobación de Felipe II en 1562. Enseñanzas de artes/filosofía, teología y cánones, con algunos abusos en las graduaciones. Las reformas ilustradas de 1770-1778 establecen limitaciones en los grados. Supresiones y restauraciones intermedias en 1807 y 1837; clausura definitiva de la universidad en 1841.
Salamanca:
Universidad medieval, real y pontificia. Hacia 1218, por iniciativa del rey Alfonso IX de León, se funda un estudio general del reino; es confirmado por bula pontificia de 1255, con otorgamiento de grados. Creación progresiva de conventos vinculados: circa 1225 se instalan los dominicos; circa 1330 los agustinos; en 1548 los jesuitas… Fundación, asimismo, de colegios seculares y, entre ellos, los cuatro llamados mayores: en 1401, el mayor de San Bartolomé, fundado por don Diego de Anaya Maldonado, arzobispo de Sevilla; circa 1500 el mayor de Santiago el Zebedeo, por el obispo don Diego Ramírez de Villaescusa, obispo de Cuenca; en 1517 el colegio mayor de San Salvador de Oviedo, por don Diego de Muros, obispo de Oviedo; y en 1521 el mayor del Arzobispo, por don Alonso de Fonseca, arzobispo de Toledo.
Sigüenza, San Antonio de Portacoeli:
Colegio-universidad pontificia, con aprobación real desde el siglo XVIII. Fundado por Juan López de Medina, canónigo de Toledo y provisor de Sigüenza. En 1489 el papa Inocencio VIII le expide bulas que le facultan para el otorgamiento de grados. En origen se trata de un colegio sacerdotal, con enseñanzas de artes/filosofía y teología, fundamentalmente; también dispone de cátedras de leyes. Aparece vinculado al convento de los jerónimos. Supresión en 1807; nueva apertura con Fernando VII, y cierre definitivo en 1837.
Toledo, Santa Catalina de:
Colegio-universidad, pontificia y real, fundado por don Francisco Álvarez de Toledo, maestrescuela y canónigo de la catedral. En 1520 recibe bula papal de León X, concediendo el otorgamiento de grados, y es confirmado por Carlos V por cédula de 1529. En origen se trataba de un colegio sacerdotal, con enseñanzas progresivamente implantadas de artes/filosofía, cánones, leyes y medicina. Dos primeras supresiones en 1807, 1824, y una definitiva en 1845.
Valladolid:
Universidad medieval, real y pontificia. Creada hacia la segunda mitad del XIII, por iniciativa real, a partir de un “studium” municipal o abacial preexistente. En 1346, bula de Clemente VI, confirmándola y reconociendo sus graduaciones. Paulatina fundación de colegios y conventos vinculados: en 1483/84 el mayor de Santa Cruz, por don Pedro de Mendoza, arzobispo de Toledo; en 1488 el colegio dominico de San Gregorio, por fr. Alonso de Burgos, capellán de Isabel la Católica y obispo de Córdoba y Palencia…
En resumen, podríamos realizar tres catas temporales para situar la evolución de las fundaciones universitarias en ambas Castillas. Si escogemos la fecha de 1425 nos encontramos únicamente con Salamanca y Valladolid. Doscientos años más tarde, hacia 1625, el panorama se ha dilatado mucho. En la Meseta Norte, junto a las mayores de Salamanca y Valladolid, han aparecido Burgo de Osma y Ávila, Sahagún se ha trasladado a Irache (Navarra), y han fracasado los intentos fundacionales de Burgos, Soria y Santo Domingo de la Calzada. En la Meseta Sur, junto a la universidad mayor de Alcalá, nos encontramos con las de Sigüenza, Toledo, Almagro y El Escorial. Una última cata, en 1825, nos muestra un panorama más restrictivo. Se mantienen Salamanca y Valladolid, pero Alcalá está a punto de ser trasladada definitivamente a Madrid. Burgo de Osma, Sigüenza, Toledo y El Escorial oscilan languidamente entre supresiones y restauraciones.
Imbricación de poderes y fundamentos económicos
Como se ha señalado, los reyes intervinieron destacadamente en la creación y conservación de las universidades castellanas a lo largo del tiempo. En ellas se formaba un personal especializado necesario para la administración, la burocracia y los tribunales de justicia del Estado. 
De modo que, ya en las Cortes de Toledo de 1480, se colocó a las universidades bajo la supervisión del Consejo de Castilla, en un intento por parte de la Monarquía para recuperar el control de estas instituciones y restringir la autoridad del Pontífice. Más aún, la real prerrogativa de patronato sobre las instituciones eclesiásticas (otorgada por el Papa) justificaba y legitimaba cualquier intervencionismo. La pugna de competencias, aunque con un predominio monárquico incontestable, se arrastró hasta 1769, fecha en la que una carta-orden prohibía a las universidades acudir a la Curia romana para cualquier dispensa en la aplicación de las constituciones y estatutos, sin consentimiento del Real Consejo. En este contexto, las universidades constituyeron centros formadores de burócratas y trampolín de oficios, promoción e influencias, con estrechos lazos de clientelismo con los altos cargos de la administración del Estado. Incluso eran consultadas por los reyes en problemas de política internacional, tal y como hizo Carlos V tras el divorcio de Enrique VIII de Inglaterra, o Felipe II en el asunto de la legitimidad en la sucesión del trono de Portugal… 0 bien se planteaban en ellas problemas teóricos de alcance internacional, como ocurrió con las polémicas salmantinas acerca de la licitud de la conquista de América.
Pero junto a la burocracia imperial y a la Monarquía, el otro eje de proyección universitario venía vinculado a la defensa de la Iglesia católica y la formación de cuadros eclesiásticos en derecho y teología. Alcalá se convierte, así, en un importante foco del humanismo cristiano de la primera mitad del siglo XVI. Salamanca la sustituirá, posteriormente, como enclave de una escolástica renovada que llevará sus tesis hasta el mismo Concilio de Trento. Las universidades de Castilla participan, de forma destacada, en la reestructuración católica de Europa; y, por otro lado, el repetido lema universitario de “letras y virtud” no dejaba de proponer un ideal colectivo de religiosidad culta. No obstante, conforme las universidades castellanas acentúen su talante jurídico y su vinculación a la Monarquía y a los intereses de la burocracia, se irá produciendo un movimiento centrífugo y conventual, con enseñanzas paralelas y privadas, de orientación eclesiástica, en filosofía y teología. De este modo, a comienzos del siglo XVIII, los ámbitos universitarios aparecen disgregados y, al tiempo que se mantienen unas tibias enseñanzas jurídicas y médicas en las universidades, los estudios eclesiásticos se retringen mayoritariamente a los conventos. Las reformas ilustradas de Carlos III van a intentar reunificar todos los estudios universitarios bajo control monárquico; al tiempo que la expulsión de los jesuitas en 1767 supondrá la destrucción del último baluarte efectivo frente al regalismo y el intervencionismo estatal.
Mientras tanto, y a lo largo de los siglos modernos, los colegios y las órdenes religiosas se fueron convirtiendo en dos poderosos grupos de presión y privilegio dentro de las universidades, arrinconando al estudiante común, denominado manteísta. Junto a estos grupos se incrementa, progresivamente, la influencia de los catedráticos de propiedad vitalicia, los cuales van concentrando y acumulando poderes. De modo que los viejos gremios medievales de maestros y estudiantes tienden a convertirse en oligarquías de catedráticos, con proclividad a manipular en su provecho las instituciones. Ya en las Cortes de Castilla de 1528 y 1548 se había solicitado la abolición de las cátedras perpetuas de Salamanca y Valladolid, reclamándose un sistema de provisión temporal como en Alcalá. Pero la tradición no se modificó, y la elección de catedráticos continuó vinculada a la elección de los escolares a través de votaciones directas. La consecuencia, a lo largo del siglo XVI y primera mitad del XVII, fue la creación de verdaderos partidos de colegiales, órdenes religiosas, y regionales de manteístas, salpicándose las elecciones de todo tipo de sobornos, corruptelas y enfrentamientos. De resultas fue suprimido el sistema de elecciones, que pasó en 1623, y definitivamente en 1641, al arbitrio exclusivo del Consejo de Castilla. Pero la presencia de muchos antiguos colegiales en la alta administración dio como resultado una nueva configuración partidista, con poderosos clientelismos, pactos, concordias y marginación de los estudiantes y candidatos no colegiales. Así, en la universidad castellana de la primera mitad del XVIII dominaba la endogamia, el corporativismo y el privilegio en la selección del profesorado, con un predominio de la antigüedad, los turnos, y los candidatos propuestos por los colegios y las órdenes religiosas. La cátedra y los grados universitarios continuaban posibilitando la selección e incorporación a un sistema social de jerarquías y preeminencias.
Existían, también, otras miserias bajo las gloriosas fachadas. Refirámonos, por ejemplo, a las cuestiones financieras, caracterizadas, asimismo, por el privilegio. Conviene advertir, en primer lugar, que era en los territorios de Castilla, económicamente pujantes en el siglo XVI, donde se localizaban las tres mayores y más destacadas universidades de la Monarquía Hispánica. Y que su trayectoria histórica fue condicionada, entre otras cosas, por las tendencias generales y ritmos económicos del territorio en que se insertaban: expansión en el siglo XVI, crisis y estancamiento en el XVII, recuperación en el XVIII. Más en concreto, los ingresos de Salamanca y Valladolid consistían en una participación en los diezmos eclesiásticos de sus diócesis, a través de ciertas proporciones cedidas por el Papado a los reyes medievales (“tercias reales”). Dichos ingresos se consolidaron definitivamente en la primera mitad del siglo XV, tras muchas irregularidades y precariedad. Así, en Salamanca las tercias suponían entre 1/9 y 2/9 del diezmo general en villas y lugares del obispado de Salamanca y tierra de Medina del Campo y, durante los siglos modernos, este diezmo se elevaba al 80-85% del total de los ingresos de la institución. Por su parte, la Universidad de Valladolid percibía 2/9 del diezmo en 33 lugares de la diócesis de Palencia. Constituía un patrimonio escaso y problemático, hasta su ampliación con ciertas tierras y dehesas cercanas a Trujillo, acaecida en la primera mitad del XVIII. Estos diezmos y tercias suponían para Valladolid el 75-80% de los ingresos. En cifras globales, la Universidad de Salamanca del siglo XVII y primera mitad del XVIII contaba con unos ingresos superiores en unas tres veces y media a los de Valladolid, aunque para la segunda mitad del XVIII se hubieran reducido las proporciones a sólo el triple. Y todo ello sin contar las haciendas particulares de colegios y conventos. De otro lado, la tercera de las grandes universidades castellanas, la de Alcalá, se financiaba, desde principios del siglo XVI, sobre rentas de beneficios y préstamos eclesiásticos en parroquias de unos 143 lugares del arzobispado de Toledo, y 60 beneficios más en la magistral de Alcalá. Esto y además juros de alcabalas sobre pueblos en las comarcas de Alcalá y Toledo. Respecto a los totales, los ingresos de Alcalá en la Edad Moderna se acercan a Salamanca más que a Valladolid. Si bien hay que tener en cuenta que las finanzas de Alcalá englobaban la hacienda del Colegio Mayor de San Ildefonso y de otros siete menores; mientras que en Salamanca todos los colegios poseían sus propias haciendas y financiación.
Mayor interés presentaba la distribución de los gastos. En Salamanca los 25 catedráticos vitalicios percibían la mitad del 85% de los ingresos, y, en Valladolid, los 12 vitalicios las 4/5 partes del 80% de dichos ingresos. En conclusión, la estructura económica de las universidades de Castilla y León, desde sus orígenes hasta mediados de los siglos XVIII y XIX, privilegiaba a unas 37 personas. Y esta amplia participación de los catedráticos vitalicios en los ingresos de Salamanca y Valladolid condicionaba la evolución general de la hacienda, al suponer un verdadero lastre a la hora de financiar posibles reformas. Tanto más cuanto que el reformismo ilustrado de la segunda mitad del XVIII no suprimió estas situaciones de privilegio. En Alcalá, por su parte, los colegios representaban casi el 50% de los gastos de la institución (25% San lldefonso y 20/25% los otros siete vinculados). De tal modo que la porción privilegiada de los catedráticos vitalicios de Salamanca y Valladolid correspondía en Alcalá a los colegiales.
Frente a estas situaciones, el resto del profesorado temporal percibía salarios fijos e inmutables, progresivamente erosionados por las coyunturas y la tendencia económica. En Salamanca los salarios de las regencias se mantuvieron idénticos entre 1561 y 1771, con ciertos complementos de propinas y aumentos ocasionales; en Valladolid ocurrió lo mismo entre 1567 y 1743. No obstante, existían diferencias, pues una cátedra temporal en Salamanca poseía un salario entre el doble y el triple de su correspondiente en Valladolid. En Alcalá, por su parte, no existieron cátedras vitalicias, sino tan sólo temporales y con salarios estancados. Las mejor pagadas eran las de artes, filosofía y teología, y el conjunto de todos los profesores suponía el 15% de los gastos de la institución. Salamanca destinaba para el pago de sus catedráticos 3,5 veces el presupuesto de Alcalá. Por otro lado, los salarios de las cátedras vitalicias eran en Valladolid superiores a Alcalá, mientras que para las temporales ocurría lo contrario. Además, las diversas materias y facultades resultaban financiadas de manera desigual, con claro predominio del derecho y la teología. Así, en Salamanca, hacia 1700, ambas facultades copaban el 65% de los salarios; y parecida situación encontramos en Valladolid. En Alcalá se destaca la importancia económica concedida a las artes y la filosofía.
Otra circunstancia económica que conviene tener en cuenta, y que configura a las universidades de Salamanca, Valladolid y Alcalá como una especie de universidades mayores o suprarregionales, es el hecho de que sus numerosos colegios mayores y menores poseyeran sus patrimonios financieros distribuidos por toda la Corona de Castilla. Los de Salamanca, por ejemplo, se financiaban sobre diezmos, beneficios eclesiásticos, juros, censos, propiedades rústicas y urbanas localizados/as en Asturias, Ávila, Cuenca, Toledo, Cáceres o Sevilla…, por poner algunos ejemplos.
Pero a fines del siglo XVIII las universidades sufren importantes quiebras económicas, obligadas a subscribir grandes cantidades de vales reales y vinculándose, con ello, a la ruina hacendística de la Monarquía. Vinieron luego las desamortizaciones de los años treinta del siglo XIX, que dejaron reducidas las viejas universidades a simple poesía crepuscular de fachadas. El dinamismo cultural se había trasladado al centro político y económico de Madrid.
Salamanca: una universidad de referencia
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El tránsito de la etapa medieval a la moderna irá convirtiendo a la Universidad de Salamanca en universidad modelo, una especie de arquetipo simbólico de prestigio, celebrándola como la primera, afamada y más influyente universidad de las Españas. Es decir, la institución de educación superior sobresaliente entre las 32 fundaciones con grados oficialmente reconocidos existentes en la Península Ibérica hacia 1625; pluriforme en enseñanzas, con las cátedras mejor dotadas, y la menos regional en sus contingentes de alumnado. No cabe duda de que tales primacías se debieron, en buena parte, al desarrollo de los estudios jurídicos y, en segundo plano, de los teológicos, con lo que se convertía en un foco universitario volcado hacia las necesidades burocráticas de vertebrar las estructuras del Estado y asumir la defensa y expansión de la fe católica. Más aún, la circunstancia americana posibilitó una notable expansión de su influencia, con la aparición de numerosas universidades (simbólicamente referentes) en los territorios hispanizados. Proyección excepcional, que permitirá a Salamanca mantener su prestigio (y propaganda) a la altura del brillo jurídico de Bolonia, la teología de París o el aticismo empirista de Oxford.
Por lo que se refiere al equilibrio de poderes, la consolidación de una monarquía autoritaria, robustecida en la segunda mitad del siglo XV, durante el reinado de los Reyes Católicos y sus sucesores, reafirmó la intervención regia en los asuntos académicos (alegando su patronato), a través del Consejo de Castilla, con una cierta marginación de las iniciativas papales y su protagonismo medieval, como ya señalamos. De tal modo que los controles centrales tomaron la forma de visitadores periódicos, con potestad para impulsar y canalizar reformas y realizar sucesivas modificaciones de los estatutos internos. No obstante, el marco jurídico prosiguió en el entorno de las Constituciones pontificias de 1422, a las que se fueron añadiendo estatutos complementarios en 1538, 1561, 1594, 1604 y 1618, culminándose en la Recopilación general de 1625, la cual se constituirá en una flexible autoridad de referencia jurídica hasta 1771 y las reformas liberales del siglo siguiente.
Aún cuando se produjeron algunos intentos de reformas, el poder ejecutivo continuó en el rector, estudiante de la nobleza, asesorado por un consejo de ocho estudiantes, representantes de las diversas cofradías regionales de escolares y elegidos a propuestas de éstas. El maestrescuela de la catedral representaba la autoridad papal, y ejercía jurisdicción, mediante tribunal propio, sobre todo el gremio universitario. Asimismo se mantuvieron los diversos claustros, como organismos de gobierno administrativo, económico y académico. Con todo, hay que señalar durante esta etapa una tendencia hacia la aristocratización de los poderes, con reducciones de la participación estudiantil y concentración de influencia y responsabilidades en los catedráticos de propiedad; aumenta, al mismo tiempo, la preeminencia de las oligarquías colegiales. En este ambiente, las facciones y camarillas fueron continuas.
En cuanto al régimen docente, la Universidad de Salamanca contaba hacia 1650 con unas 26 cátedras vitalicias y unas 30 temporales, llamadas cursatorias o regencias. Estas cátedras se proveían por votaciones de estudiantes, según sistema boloñés que se mantuvo hasta 1623 y 1641; a partir de estas fechas fue suprimido en las tres universidades mayores por irregularidades, corrupción y conflictividad. Los catedráticos pasaron a ser designados por el Consejo de Castilla, lo que abocó hacia acaparamientos partidistas por parte de las oligarquías burocráticas y colegiales. Sucedió que los colegios, surgidos como instrumentos para la conformación de una élite académica preparada para el acceso a grados, cátedras y oficios de la administración, terminaron coligando intereses con los altos burócratas del aparato estatal: éstos promovían a los colegiales a cátedras y cargos, y los colegios otorgaban becas a familiares y allegados a sus bienhechores. De este modo, la seguridad de la beca colegial y el turno en los ascensos, primando la antigüedad y la capacidad de influencias sobre el esfuerzo y el mérito, dislocaba todo interés por el estudio. El estudiante manteísta meritorio, no colegial ni fraile, termina desmoralizándose ante los rodillos de parcialidades y camarillas. Y esta selección endogámica del profesorado tomó la forma de un turnismo en las cátedras jurídicas entre colegiales. Por su parte, las enseñanzas teológicas pasan a otros turnos, los de escuela, en la primera mitad del siglo XVIII; y ello junto a una progresiva dotación de cátedras privadas, vinculadas, sin oposición, a la doctrina ortodoxa de diferentes órdenes religiosas.
El método de enseñanza tradicional se mantuvo, fundamentándose en la lección magistral, la repetición y los ejercicios dialécticos. El principio de autoridad se derivaba de ciertos libros y autores consagrados: corpus de derecho romano y decretales pontificias; la Biblia y una escolástica teológica de predominio tomista a lo largo del siglo XVI; síntesis galénica en medicina; lógica y filosofía aristotélicas; Euclides, Ptolomeo y los clásicos latinos y griegos, etc. Todo ello se consolidó en dos tiempos, los planes de estudio de 1561 y 1594, completados con modificaciones parciales para las artes/filosofía en 1604. A partir de aquí, la Recopilación de 1625 rige como referencia, aunque con negligencias v relajaciones en su cumplimiento. No existían exámenes finales y el pase de curso requería únicamente de matrícula y asistencia. La revalidación de conocimientos se producía a través de los grados de bachiller, licenciado y doctor: el primero de ellos servía para el ejercicio profesional, mientras que el segundo probaba la habilidad erudita para la futura docencia, y el doctorado era mera cuestión de pompa y de festejos. Todo tenía lugar en las escuelas mayores y menores, que constituían la Universidad por excelencia. A ella se agregaban unos 20 conventos regulares masculinos y más de 25 colegios seculares vinculados, con ciertas tensiones de disgregación y enseñanza autónoma, sobre todo en los primeros.
Con estas coordenadas, la Universidad salmantina de los siglos modernos presenta un perfil de acusado carácter jurídico y de promoción burocrática y funcionarial: una institución estatal y eclesiástica muy ligada al “cursus honorum” letrado y administrativo. Esto no obstaculizó que, desde fines del XV y primera mitad del XVI, Salamanca se incorporase al movimiento humanista; aunque, ciertamente, ensombrecida por Alcalá que, en su apogeo renacentista, le restará alumnos. Por los años centrales del XVI, la confluencia del derecho, la teología tomista, las nuevas lógicas y las lenguas clásicas, cristalizarán en la llamada “Escuela de Salamanca”, cuya principal aportación supondrá la reflexión práctica sobre un conjunto de problemas de proyección europea y americana: naturaleza del poder y de la justicia; derechos de la persona y del Estado; comunidad internacional y derecho de gentes; conflictos internacionales y guerra justa; así como teorización económica y tensiones derivadas de la colonización y transculturación americana. En este contexto destaca la movilidad del profesorado eclesiástico, a través de sus estudios conventuales. Luego, tras la participación de destacados teólogos en el Concilio de Trento, la Salmantina adopta rigidos perfiles que van oscureciendo la floración humanista, y la síntesis aristotélico-escolástica y el romanismo jurídico se imponen. Se entra en un tiempo largo de cierto tradicionalismo, que se adentra por la primera mitad del XVIII. La Universidad de Salamanca, como otras de su tiempo y circunstancias; parece adormecerse, conservar sus saberes, erigirse como brazo letrado y legitimación ortodoxa de un orden. Puede hablarse de un cierto declive teórico en esta institución, desincorporada del racionalismo filosófico y del cientifismo experimental de la naturaleza, propios de las vanguardias del seiscientos. Aunque, no obstante, su contribución a la formación de los cuadros jurídicos y administrativos de la Monarquía resultó destacada. Si bien esta preocupación práctica, junto al desarrollo de una teología ortodoxa, contribuyó a desatender las disciplinas de pura erudición, las humanidades y las lenguas clásicas.
No podemos olvidar tampoco que, durante esta etapa, la institución universitaria y, destacadamente, sus estudios de derecho, constituyeron cauce de promoción y movilidad social. Y esto resulta particularmente cierto por lo que respecta al siglo XVI, ya que, posteriormente, se acentúa una tendencia a la aristocratización y selección más oligárquica. Ante las perspectivas abiertas, la matrícula alcanzó entre 5.000 y 7.000 alumnos anuales en la segunda mitad del XVI; si bien a mediados del XVII se hará patente un declive que aboca a los 2.000 matriculados de las postrimerías del seiscientos. Entre ellos continuaron predominando los juristas, destacadamente los canonistas, siguiéndoles en importancia los estudios de teología, las artes y la filosofía, con pequeños contingentes de médicos. Por lo qué respecta a las procedencias, durante la segunda mitad del XVI, el prestigio de Salamanca atrae hacia sí una confluencia de estudiantes de todo el ámbito peninsular, e incluso europeos e indianos en proporciones superiores a cualquier otra universidad hispana de la época. De este modo, Salamanca se configura como la menos regional de las tres grandes universidades de la Monarquía; y esto a pesar del predominio del alumnado meseteño: es así que los 9.000 portugueses que pasaron por sus aulas entre 1580-1640 podrían servir de testimonio de su pluralidad. Durante los siglos XVI-XVII los mayores contingentes de estudiantes corresponden a Castilla/León, Portugal, Castilla la Nueva, Extremadura y territorios vasco-navarros y riojanos. Más atrás quedan Galicia y Andalucía y, finalmente, la Corona de Aragón. Entre los extranjeros nos encontramos con irlandeses, flamencos, franceses, alemanes y, sobre todo, italianos, junto con naturales de los virreinatos de Nueva España y Perú en las Indias.
Cuando, dejando atrás la etapa clásica de la universidad, nos adentramos por el siglo XVIII, constatamos la pervivencia de inercias tradicionalistas, hasta que se produce el despliegue de las reformas ilustradas de Carlos III, ralentizadas con su sucesor Carlos IV. Estos esfuerzos culminarán en el Plan Caballero de 1807, centralizador y uniformista, que se proyectó como Plan General de las universidades de la Monarquía. Anteriormente, las reformas articuladas en torno al Plan de 1771 pretendieron un mayor control del Consejo Real sobre la autonomía universitaria, reforzando la autoridad rectoral. Esto vino acompañado de una pareja merma de la figura del maestrescuela y de su jurisdicción. Por otro lado, una vez desarticulada la prepotencia jesuita, tras la expulsión de la orden en 1767, la Monarquía y ciertos grupos ilustrados pretendieron atenuar la influencia colegial, tanto en la burocracia estatal como en la provisión de las cátedras universitarias. Diversas disposiciones reales se sucedieron entre 1771 y 1777 para la reforma de los colegios, aunque, a medio plazo, parece que se reprodujeron los antiguos vicios.
En el régimen docente se había llegado a la costumbre de oposiciones formularias, con turnismo y antigüedad de acceso para colegiales y regulares. Todo ello se mantenía hacia mediados del XVIII, y las reformas se dirigieron a conseguir un concurso/oposición abierto, bajo la supervisión del Consejo. Se trataba de abolir los turnos y abrir las oposiciones al mérito y a la concurrencia (1770). Además de esto, el plan de estudios exigió una atención especial, lo que cristalizó en las disposiciones de 1771. No hay que considerarlas revolucionarias, pero contribuyeron a la introducción de nuevos enfoques y materias de estudio. En derecho canónico se favorecían las corrientes regalistas, limitándose el estudio del derecho medieval pontificio. En leyes se reglamentó la enseñanza del derecho real o nacional, aunque continuó predominando el romano. En teología se tendieron a acentuar los aspectos bíblicos y positivos, así como las disciplinas prácticas, pero la escolástica retornó al predominio tomista y racional, frente a la proliferación de escuelas del siglo anterior. Se produjo una apertura hacia los estudios de física experimental para los médicos que, al mismo tiempo, incrementaron el talante empírico-clínico de la enseñanza. Finalmente, tanto las matemáticas como las letras clásicas fueron impulsadas. Al tiempo, alumnos y profesores como Ramón de Salas y Cortés se vinculaban a las nuevas corrientes liberales y, como detalle representativo, Diego Muñoz Torrero, rector salmantino en 1787, ostentará posteriormente la presidencia de las Cortes de Cádiz. Aparece consolidado un cierto fermento ilustrado, que se truncó durante las turbulentas primeras décadas del siglo XIX.
También parece evidente que a lo largo del siglo XVIII se redujo la proyección exterior de la Universidad de Salamanca en el ámbito de las Españas, al tiempo que ascendían en importancia otros centros hasta entonces más periféricos. El alumnado oscilará entre 2.000 y 1.500 matriculados, con fuertes contingentes de regulares y colegiales en la primera mitad del siglo, lo que delata una universidad en la que se han consolidado ciertos sectores privilegiados e influyentes. Además, progresivamente, la procedencia del alumnado se regionaliza hacia la Meseta Norte y Extremadura, disminuye la capacidad de convocatoria y promoción de Salamanca, y la competencia de otras universidades (Valladolid, Zaragoza, Sevilla, Valencia) va sumiendo a la que había sido primera universidad de la Monarquía en el declive provinciano que heredaría el siglo siguiente.
VALLADOLID
Buena parte del encuadre que acabamos de aplicar a Salamanca puede también trasladarse a la Universidad de Valladolid de los siglos modernos. 
La presencia de la real Chancillería, las necesidades de la Monarquía imperial y la gigantesca ampliación de las necesidades administrativas en los territorios americanos potenciaron la expansión de esta universidad, verdadero vivero de burócratas y juristas. Al mismo tiempo, participó igualmente en la batalla ideológica y propagandística del catolicismo militante. En aquel Valladolid de 1559, en que se encendían las hogueras inquisitoriales contra los focos protestantes, la universidad y las órdenes religiosas a ella vinculadas permanecían como baluartes del espíritu católico y la fe ortodoxa. En otro orden de cosas, muchos detalles de la organización hacendística, el calendario escolar, los sistemas de selección del profesorado, la pompa, los festejos y hasta el alojamiento de los escolares, guardaban múltiples semejanzas con Salamanca.
Pues bien, en Valladolid los primeros estatutos conocidos fueron redactados en latín entre 1517-1523 y, en 1545, eran aumentados y completados en romance. A ello siguieron algunas modificaciones introducidas por los visitadores regios en 1567 y 1612, principalmente, hasta que se llegue a la recopilación impresa de 1651, que regiría en líneas generales hasta las reformas ilustradas. De este modo, la autoridad suprema recaía en un rector estudiante, graduado y noble. Desde 1612 era elegido cada dos años, y entre candidados presentados por el obispo/canciller, el claustro y el colegio de Santa Cruz. Puede observarse una mayor aristocratización del cargo e, incluso, una elección más compleja que en Salamanca y más alejada del estamento estudiantil. Si bien es cierto que el rector de Valladolid asumia mayores competencias, pues en sus manos recaía el poder jurisdiccional sobre el gremio universitario, aspecto que en Salamanca correspondía al maestrescuela/ canciller. No obstante, en Valladolid también existía un canciller que, desde 1595, era el obispo de la nueva diócesis, creada en dicha fecha; pero se hallaba, en cierta forma, subordinado al rector, el cual, por privilegios pontificios, poseía incluso el poder de excomulgar. Como en el caso salmantino encontramos también otros organismos: los consiliarios estudiantes, las juntas de gobierno (diputados) o los diversos claustros de profesores y graduados. Lo que llama la atención es la participación e importancia concedida a los candidatos nombrados por el Colegio de Santa Cruz, que asume una destacada presencia en estos órganos (consiliaturas). Las reformas ilustradas tenderán a robustecer el cargo de rector, lo que en Valladolid era ya un hecho; pero, además, a partir de 1774, la Chancillería intervenía ya en asuntos propios de la jurisdicción universitaria, lo que testimonia una progresiva restricción de autonomía.
Por lo que respecta al régimen docente, hacia fines del siglo XVI, Valladolid contaba con unas 33 cátedras, de las cuales 12 eran vitalicias y de orígenes medievales. Todas las facultades estaban representadas: cánones, leyes, teología, medicina, artes/filosofía, gramática latina, matemáticas… No obstante, el predominio lo obstenta la facultad jurídica, sobre todo cánones, y todo ello estimulado por la presencia de la real Chanchillería. Por el contrario, la facultad de medicina es más débil, y con pocos alumnos. Existen, como en Salamanca, supervisiones y visitas de las cátedras a cargo del rector, y rigen los mismos sistemas de selección del profesorado por votaciones de estudiantes, los cuales serán abolidos en 1641. Todo lo dicho anteriormente sobre irregularidades y sobornos es también aplicable aquí. Existe, asimismo, un control de los colegiales de Santa Cruz sobre las cátedras de derecho, y una destacada presencia de los dominicos de San Gregorio en las catédras de teología. Reaparecen, pues, como en otras universidades, dos potentes grupos de presión, integrados por estudiantes colegiales y frailes de órdenes.
Tampoco encontramos grandes disparidades en los planes de estudio, que van tendiendo hacia un cierto tradicionalismo. En Valladolid se había elaborado un plan general hacia 1541, el cual, con algunas reformas en 1610, se mantendrá esencialmente hasta las reformas ilustradas. Sin embargo, una peculiaridad de Valladolid (con respecto a Salamanca) fue que desde 1580/1625 los jesuitas se hicieron cargo de las enseñanzas de gramática latina y humanidades, las cuales pasaron a impartirse en el propio colegio de la Compañía.
Hacia 1770, la Universidad de Valladolid contaba alrededor de unas 40 cátedras, habiéndose producido un singular incremento en teología, dada la dotación privada de cátedras vinculadas a diferentes órdenes religiosas. 
Tras esto llegarían las reformas ilustradas y el nuevo plan de estudios de 1771, con las características comunes a otros centros: regalismo centralizador; promoción de lo experimental en filosofía y medicina; apoyo a los estudios de derecho real y patrio; creación de gimnasios y academias; controles de inscripción, docencia y graduaciones; liberalización de oposiciones, etc.
Por lo que se refiere a matrículas y aspectos sociales, los mayores contingentes de inscripciones los registra Valladolid entre 1570 y los años 1630/1640, llegándose a contingentes entre 1.500 y 2.000. A fines del XVII la matrícula ha descendido por debajo de las 1.000 inscripciones y, en el último tercio del XVIII, dicha matrícula se ha equiparado con Salamanca, en torno a unos 1.500 alumnos. La facultad más frecuentada es el derecho eclesiástico (del 50 al 75% de los inscritos entre 1.550 y 1.650), seguida de artes/filosofía. Los estudiantes de leyes civiles representan el 10% a mediados del seiscientos, y los teólogos reparten su asistencia entre la universidad y los colegios conventuales, con inscripciones confusas. La procedencia del alumnado parece más regional que en el caso de Salamanca. En el tercer cuarto del siglo XVI, el 75% de los escolares procedían de diócesis del Norte: Palencia, Burgos, León, Calahorra…, y semejantes procedencias continuaban registrándose en el siglo XVIII.
Este regionalismo se quiebra más en el caso del Colegio de Santa Cruz. Se trata de uno de los seis llamados mayores, fundado en 1483/84 por Pedro González de Mendoza, arzobispo de Sevilla. Entre sus becarios nos encontramos estudiantes del Norte y Noroeste de la Corona de Castilla (diócesis de Calahorra, Burgos, Pamplona y Oviedo), con destacada presencia de Toledo. No obstante, la “solidaridad regional” más potente y consolidada durante los siglos XVII y XVIII se correspondía con los territorios riojanos. Encontramos, asimismo, coligaciones y parentescos con becarios de otros colegios mayores del Reino, y parecidas pretensiones a cargos y oficios de la burocracia civil y eclesiástica en la metrópoli y en las Indias. Obtener una cátedra de derecho solía constituir un escalón previo y, por ello, durante el siglo XVII y hasta 1770, el 60% de dichas cátedras de Valladolid recayeron en colegiales de Santa Cruz. Además, y como ya dijimos, estos colegiales ostentan una presencia destacada en los cargos de gobierno universitario: rectoría, consiliaturas, diputados, maestrescuela, etc. En 1777 llegan las reformas ilustradas a Santa Cruz, como a los otros mayores, en un intento por imponer normativas más austeras y limitar los privilegios. De esta forma, el partido manteísta conseguía imponerse a las añejas oligarquías colegiales.
Cabe finalmente señalar que, a lo largo de los siglos XVII y XVIII, en una universidad de predominio jurídico y promoción burocrática, los estudios de orientación eclesiástica en artes y teología se fueron reagrupando en torno a los conventos y colegios de órdenes religiosas. Se trataba de un movimiento centrífugo, semejante al de Salamanca, en el que se destacaron los dominicos de San Gregorio, los jesuitas de San Ambrosio y los agustinos de San Gabriel.
ALCALÁ DE HENARES
La tercera gran universidad de las Castillas durante la Edad Moderna fue Alcalá de Henares. Sus lejanos orígenes remontaban a un malogrado proyecto del rey Sancho IV en 1293, encaminado a la fundación de un estudio general. Posteriormente, en 1473, el arzobispo Carrillo fundaba un pequeño estudio de artes liberales. A partir de estas bases previas el cardenal Cisneros alegaría razones jurídicas para establecer su Universidad Complutense. La bula pontificia fue expedida por el papa Alejandro VI en abril de 1499, reconociendo la fundación y encomendando la colación de los grados al abad de la colegiata de Alcalá. 
Otra bula complementaria de 1514 estableció, asimismo, la facultad de medicina. El reconocimiento civil llegaría en enero de 1512, convirtiéndose los reyes de España en patronos y protectores, y otorgándole los privilegios de Salamanca y Valladolid. La fundación cisneriana se inscribía en la trayectoria de los prelados eclesiásticos que habían establecido los colegios de San Clemente de Bolonia, San Bartolomé de Salamanca y Santa Cruz de Valladolid. Por ello, la Universidad de Salamanca, para mantener su preeminencia, intentará impedir dicha fundación de Alcalá, solicitando que el Colegio de San Ildefonso se trasladase a su propio recinto. No se logró, y se reafirmaron los propósitos de Cisneros, que pretendía la renovación de la teología dentro de las nuevas corrientes humanistas, y establecer un centro de formación de clero culto para las misiones de una Iglesia militante. En realidad, más que una universidad de viejo cuño boloñés, Cisneros proyectó un conglomerado de colegios al estilo de París, puestos bajo la hegemonía del Mayor de San lldefonso. Debía formarse éste con 33 becarios y 12 capellanes, a lo que se añadirían las 216 becas de otros siete colegios dependientes y, desde 1528, unas 30 becas nuevas en el Trilingüe. Y a este núcleo original se fueron añadiendo progresivamente nuevas fundaciones de colegios seculares y de otros regulares de órdenes religiosas, hasta alcanzar la cifra de 13 seculares, cuatro de órdenes militares y 15 de órdenes religiosas en sus épocas de esplendor.
Alcalá contó con unas primeras constituciones, aprobadas por Cisneros en 1510 y retocadas en 1517. Estaban inspiradas en París y en los colegios de San Bartolomé de Salamanca y Sigüenza. Posteriormente, los visitadores reales realizarían algunas reformas, las más importantes en 1566 y 1664/66. En esta última fecha, o reforma de García Medrano, se recopiló todo lo legislado desde 1510, en un corpus estatutario que mantendrá su validez hasta que en 1777 el Consejo de Castilla aplique las reformas ilustradas. Pero la peculiaridad de Alcalá consistía en la concentración de los poderes universitarios en los colegiales de San Ildefonso y, concretamente, en su rector anual; el cual se asesoraba de tres consiliarios colegiales y otros tres de la corporación universitaria. Sobre dicho rector recae la gestión de gobierno, la supervisión de la administración económica y la jurisdicción civil y criminal sobre toda la universidad. Con ello se pretendía mantener la independencia institucional frente a los poderes locales, el concejo de Alcalá, las autoridades eclesiásticas y el arzobispo de Toledo. Para conseguirlo, Cisneros obtuvo del papa Julio II una bula de autonomía jurisdiccional (1512), la cual sería ejercida por el rector bajo la protección de la Santa Sede. No obstante, esta solución no estuvo exenta de conflictos jurisdiccionales y de banderías y facciones para el acceso y control del poder rectoral. Además, la cercanía de Madrid, y los privilegios del fuero académico, convirtieron la ciudad de Alcalá en insegura, conflictiva y refugio de malhechores. Por ello, en tiempos de Felipe III se intentó traspasar la jurisdicción académica a un maestrescuela, a fin de diversificar y robustecer la autoridad. No se llevó a cabo. Aunque, por su parte, otros enfrentamientos llegaron del lado de los jesuitas, cuando en la década de 1620 pretendieron la creación de un colegio imperial o universidad en la Corte de Madrid. Contra ellos se aliaron, junto a la Universidad de Alcalá, las otras dos mayores de Castilla, Salamanca y Valladolid, alegando su propia supervivencia como universidades de la Monarquía.
Por lo que se refiere al régimen docente, Alcalá había nacido con las facultades de artes/filosofía, teología y derecho canónico; es decir, como universidad de estudios eclesiásticos, a la que a partir de 1514 se añadió una facultad de medicina con cierto relieve en la segunda mitad del siglo XVI. Las cátedras originales no llegaban a 25, con un predominio de las artes, la filosofía y las humanidades. Para el año 1665 dichas cátedras eran unas 33, distribuidas en las facultades de cánones, teología, medicina, artes/filosofía, humanidades y lenguas. Además, en 1672, y contra el propósito original de Cisneros, se fundaron cuatro cátedras en una nueva facultad de derecho civil.
Otra peculiaridad de Alcalá, frente a Salamanca o Valladolid, fue el hecho de la temporalidad de todas sus cátedras, cuyo profesorado era elegido cada cuatro años por el tradicional procedimiento de las votaciones de estudiantes. No obstante, diversas circunstancias resultaban comunes al resto de las universidades. Así ocurrió con las visitas de inspección de la docencia, la supresión del sistema de votos estudiantiles en 1641, y la creación privada de cátedras de teología sin oposición, vinculadas a órdenes religiosas como los dominicos, jesuitas, etc. En todo esto, y en otras muchas cosas, las tres universidades mayores de Castilla discurrieron por derroteros muy similares. Y así sucedió con el acaparamiento de las cátedras de derecho canónico por parte de los colegiales de San lldefonso. Por otro lado, al acentuarse la tendencia jurídica de la universidad, los estudios más eclesiásticos de artes y teología tenderán a impartiese en los conventos, dentro de un movimiento centrífugo común a Salamanca y Valladolid. Asimismo, se impusieron los turnos de escuelas teológicas y filosóficas (jesuitas, dominicos, franciscanos), mientras iban decayendo la medicina y los estudios de humanidades.
Todo este proceso contrastaba con la atmósfera intelectual de los inicios, pues Alcalá se había fundado abierta a la diversidad de corrientes filosóficas y teológicas del tiempo, y con una clara preocupación por la crítica humanista de textos bíblicos y patrísticos, así como por el cultivo de las tres lenguas sabias: latín, griego y hebreo. 
Cisneros mismo había invitado al propio Erasmo en 1516, y en la universidad pronto se gestó un círculo de erasmistas que, en 1522, propondrán el nombre de Juan Luis Vives como sustituto del difunto Nebrija en la cátedra de latinidad. Al tiempo, tenía lugar la monumental edición de una Biblia Políglota, impresa entre 1514 y 1517, y publicada a partir de 1522. Más aún, durante toda la primera mitad del quinientos, Alcalá constituye un foco ascético y espiritual, con amplio desarrollo de imprenta propia y publicación de textos devotos. Llegarían luego los conflictos religiosos, la persecución de erasmistas en la década de 1530, los cortafuegos frente al protestantismo y los contrafuertes del Concilio de Trento. En esta atmósfera, Salamanca y su segunda escolástica retomaron el predominio intelectual, y Alcalá pasa a convertirse en otro foco teológico de la ofensiva antiprotestante y la defensa católica. Tiempos crispados, que debilitaron la corriente humanista y el estudio de las lenguas clásicas. Y más tarde, con una decaída facultad de medicina y una nueva facultad de derecho civil, Alcalá pudo ya encauzarse, también, hacia las promociones burocráticas y administrativas, comunes a Salamanca y Valladolid. Mientras, en el silencio de sus conventos de Salamanca y Alcalá, los carmelitas descalzos elaboraban las esforzadas recopilaciones escolásticas de teología y filosofía.
Como puede observarse, la proyección intelectual desbordaba claramente cualquier enmarque regional; ¿pero, qué sucedía con la matrícula y las procedencias del alumnado? Aunque los cómputos resultan problemáticos, podemos aventurar entre unos 2.000 y 3.000 alumnos en la segunda mitad del siglo XVI y principios del XVII; los cuales se habrían convertido en 1.500 a fines del seiscientos, y en unos 500 en la segunda mitad del setecientos. Unos contingentes, por lo tanto, mucho menores que los salmantinos y con ciertas aproximaciones a Valladolid, si bien el predominio de Alcalá a fines del XVI se había trocado en el de Valladolid a finales del XVIII. Por facultades, a lo largo de los siglos modernos predominó la matrícula en artes/filosofía, seguida del derecho canónico y la teología, con pequeños contingentes de médicos. En la transición del siglo XVI al XVII las proporciones de humanistas y gramáticos decayeron mucho. A comienzos del seiscientos, un 45% de las matrículas eran de artistas, 26% de canonistas, 16% de teólogos, 9% de gramáticos y 4% de médicos. Con respecto a las procedencias, se han estudiado detenidamente para el Colegio Mayor de San lldefonso, arrojando un balance claramente favorable a las diócesis de Castilla la Nueva (más de un 30%), a las vasconavarras y riojanas (28%) y a los diversos territorios de la Corona de Aragón (19%). Una universidad, por lo tanto, menos pluriforme que Salamanca, foco universitario de la Castilla del sur, con proyección en el cercano Aragón y con la presencia vasconavarra y riojana asimismo observable en Salamanca y Valladolid. Queda así de manifiesto la funcionalidad de las tres universidades mayores sobre la red universitaria española de los siglos modernos. Las tres superan las limitaciones locales y sirven de verdaderas universidades centrales de la Monarquía; si bien, este carácter lo cumplirá especialmente Salamanca, por la multiplicidad de procedencias escolares y de enseñanzas impartidas. Valladolid se circunscribe más al norte peninsular y al derecho; mientras que Alcalá lo hace al sur, a las artes y a la teología.
Estas funciones, claramente establecidas durante los siglos XVI y XVII , se van difuminando a lo largo del XVIII, con una progresiva regionalización de las grandes universidades, a lo que se sumarán las reformas impulsadas por los ilustrados. En el caso de Alcalá, y pese a la cerrada oposición colegial, se otorgan nuevas constituciones en 1777, el rector pierde poderes, y la universidad es separada del colegio y trasladada al edificio de la expulsa Compañía de Jesús. A todo lo cual se sumará una parcial desamortización de las rentas que, en 1798, pasan a la hacienda real. Y en cuanto a los aspectos docentes, se suprimen los turnos de escuelas (1767), y en 1772 se aprueba un nuevo plan de estudios, en la línea regalista, experimental y tomista de otras universidades. Como en los casos de Salamanca y Valladolid, estas reformas fueron creando espacios para un pensamiento liberal que irá fructificando paulatinamente.
En las primeras décadas del siglo XIX, Alcalá se fue convirtiendo en una universidad de unos 300 a 500 alumnos, con claro predominio del derecho civil y un puñado de filósofos y teólogos. Sus particularidades van siendo desmanteladas: en 1835 perdía el fuero académico y, posteriormente, sus ingresos y hacienda, fundamentados en rentas eclesiásticas. Con el nuevo Estado de corte liberal, la universidad tradicional de Alcalá, símbolo del Antiguo Régimen, desaparece, y es trasladada en 1822 y 1836 a Madrid, con el nombre de Universidad Central. Quedaba abierta una nueva etapa.
