El autismo es una de las patologías que es más tratada con esta terapia, este trastorno es detectado en las primeras etapas de socialización del infante y está señalado por problemas en la comunicación y el contacto con el mundo externo.
El tratamiento se extiende entre seis meses y un año, los animales ajustan su conducta a las respuestas del niño, posibilitando al terapeuta observar un patrón y así establecer un diagnóstico por medio de la observación y del análisis de la interacción con el animal.
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