Recibe la denominación de Santiago de los Caballeros por asegurarse que en ella, tras velar sus armas, fue armado caballero el Cid Campeador por el rey Fernando I.

Se trata de un templo de origen monástico. Tras múltiples reformas y destrucciones, nos debemos fijar en la cabecera de tres ábsides planos. Seguramente el templo tenía también tres naves.Es evidente la relación entre esta iglesia de Santo Tomé y Santa Marta de Tera, al menos en lo relativo a la articulación de columnas y ventanales más la decoración de ajedrezados, y en algunas iconografías de capiteles, etc. por lo que se cree que algunos de los artífices de Santa Marte de Tera se ocuparon de este edificio.

Por tanto estamos frente a un edificio erigido seguramente en los primeros años del siglo XII.En esta iglesia tan primitiva se funde la tradición hispánica prerrománica de ábsides con testero plano y el románico pleno del Camino de Santiago

   ”EL MOTÍN DE LA TRUCHA”

A comienzos del invierno del año 1158, tuvo lugar en Zamora una revuelta popular urbana en la que murieron un número indeterminado de nobles de la ciudad.

En el mercado de la villa, un pescadero estaba vendiendo la última trucha del puesto a un zapatero.Irrumpe en el puesto el criado de Gómez Álvarez, noble de la villa, pidiendo para sí la compra del mismo género, alegando su preferencia en la compra como consecuencia de un supuesto privilegio nobiliario. La situación originó una airada discusión que congregó a una gran parte del público asistente al mercado, la mayoría partidaria del zapatero. Finalmente este último se llevó la pieza.

Ante los hechos acaecidos, los nobles deciden apresar a los líderes del tumulto y se reúnen en la iglesia de Santa María para decidir las medidas a tomar. Por su parte los ciudadanos, temerosos de las represalias de los nobles y capitaneados por Benito “el pellitero”, deciden encerrar a los nobles en la iglesia en la que se habían concentrado y, acto seguido, prenden fuego al edificio. Esta última acción produjo la muerte de los nobles allí congregados, entre ellos de Ponce de Cabrera, hijo del conde de mismo nombreny tenente de la villa por mandato regio.

Ante el temor de las seguras represalias del tenente de la villa, los amotinados deciden huir hacia la frontera portuguesa y enviar mensajeros al rey Fernando II de León para solicitarle su perdón y la destitución de Ponce como tenente de Zamora, bajo la amenaza de que en caso contrario pasarían a poblar el vecino reino de Portugal.

El rey aceptó las peticiones de los amotinados a cambio de su vuelta a Zamora y de que reedificaran la iglesia, desde entonces Santa María “la Nueva”. Por su parte, el conde Ponce de Cabrera pasó al servicio de Sancho III de Castilla, hermano del rey de León, Fernando II.

Actualmente, se conserva el perímetro del castillo rodeado de un foso que se halla casi integro. Los muros de mayor importancia, el patio de armas y la torre de homenaje también han llegado hasta nuestros días. El casillo de Zamora es Patrimonio Histórico Español.

Fue declarada Monumento Nacional por Real Orden  5 de septiembre de 1889.