Durante la guerra de la Independencia, Salamanca fue ocupada por las tropas francesas hasta la batalla de los Arapiles (1812), en la que vencieron los ejércitos aliados bajo el mando de Wellington. Durante la ocupación, los franceses construyeron defensas y, para obtener materiales, destruyeron una importante parte de los edificios salmantinos, especialmente del barrio llamado de Caídos (derruidos), donde se levantaban conocidos colegios mayores de la Universidad, de los que no queda ni rastro. El peor momento llegó cuando Fernando VII cerró las universidades españolas. A partir de la reapertura, la de Salamanca quedó reducida a una universidad de provincias.
Por la provincia de Salamanca actuó el guerrillero y militar salmantino Julián Sánchez “el Charro” al mando de la unidad Lanceros de Castilla.
En 1873, tras proclamarse la Primera República, Salamanca sufrió un levantamiento cantonalista que fue sofocado.
Durante el resto del siglo XIX la ciudad experimentó una leve recuperación al ser nombrada capital de provincia y al haberse construido el ferrocarril que unía Francia con Portugal, y que pasaba por la Meseta (Medina del Campo y Salamanca, 1877).
La sublevación del ejército contra la Segunda República triunfó en Salamanca desde el primer momento. Durante la Guerra Civil, entre octubre de 1936 y noviembre de 1937, el Palacio Episcopal fue residencia y centro de mando del general Franco. La ciudad fue también sede de las organizaciones falangistas y de algunos Ministerios.
Tras la guerra se concentraron en Salamanca los documentos incautados por el Ejército sublevado a medida que iban ocupando el territorio que había defendido a la República, con lo que se creó un gran archivo documental sobre la guerra civil española (Archivo General de la Guerra Civil Española). La parte de este archivo “perteneciente a Cataluña” amén de muchísimos papeles y documentos valiosos de particulares e instituciones no pertenecientes a esa región fue trasladado a Barcelona en la primavera de 2006, tras grandes disputas entre el ayuntamiento salmantino y el gobierno español, y manifestaciones populares. El ayuntamiento de Salamanca, presidido por Julián Lanzarote (PP), cambió el nombre de la calle en la que se encuentra el archivo, de «Gibraltar» (nombre que homenajeaba a las milicias salmantinas que fueron con Alfonso XI a la conquista de Gibraltar) a de «El Expolio», como señal de protesta tras el traslado de los «papeles de Salamanca» a Cataluña.
En 1940, Pío XII fundó la Universidad Pontificia de Salamanca como continuación de los antiguos estudios de teología.
En 1988 Salamanca fue declarada Ciudad Patrimonio de la Humanidad por la Unesco. En 1998, por acuerdo de los Ministros de Cultura de la Unión Europea, Salamanca fue designada junto a Brujas, Capital Europea de la Cultura para el año 2002. La ciudad también aspira a obtener la candidatura a la Exposición Universal de Salamanca en un futuro no muy lejano.
Actualemente, Salamanca se sirve del sector servicios (el boyante turismo cultural y la Universidad). Es especialmente relevante la actividad educativa durante el verano, ya que cuenta con una gran afluencia de estudiantes procedentes de muchos países, que en su mayoría vienen para aprender el castellano y asistir a diversos cursos de verano.
La capital salmantina acogió los días 14 y 15 de octubre de 2005 la celebración de la XV Cumbre Iberoamericana de Jefes de Estado y de Gobierno.
S.A.I. el Príncipe Heredero del Japón Naruhito visitó la ciudad el 13 de junio de 2013 con motivo de la conmemoración de los 400 años de intercambio hispano-japonés. Recibió de manos del alcalde Alfonso Fernández Mañueco las llaves de la ciudad.
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